西田企图建立一个超越于唯心主义和唯物主义的哲学体系。他的哲学思想发展大体上分为前、中、后三个时期：
前期的根本思想是“纯粹经验”，中期的是“场所逻辑”，后期的是“绝对矛盾的自己同一”。
前期哲学思想
西田的第一部著作是1911年出版的《善的研究》。这本书曾经是日本明治维新以后销售最多、影响最大的一本哲学著作，它的问世标志日本最初的“独创哲学”的形成。他声称，他研究哲学的根本动机是为了解决人生问题。书中第一次提出并且阐述他的基本概念“纯粹经验”。他所谓的“纯粹经验”并非一般所理解的那种以主、客观对立为前提的对象经验，而是所谓“主观和客观合一”的直接经验，是以他“打坐”体验为基础的。他认为，有了经验才有个人，并不是有了个人才有经验;“纯粹经验”是唯一的“实在”，而主观与客观是这“实在”中统一着的两个方面，其中主观即“我”是“统一的方面”，客观是“被统一的方面”。“善”就是实现主客合一的意识状态，也是自我的发展完成。
中期哲学思想
西田后来为了去掉“纯粹经验”带有的心理主义色彩，努力将其加以逻辑化。1917年他在《自觉中的直观和反省》一书中，把“纯粹经验”表述为先验的自觉;1926年他在论文《场所》中，终于给“纯粹经验”找到一个逻辑形式，展开了他特有的所谓“场所逻辑”。这种逻辑的形成是他的哲学思想发展的一个重要转折点。第二年西田出版《从动者到见者》一书，标志着西田哲学转入中期。1926年，新康德主义者左右田喜一郎在批判西田的论文《关于西田哲学的方法》中，首先提出“西田哲学”这个名称。
西田思想
西田指出，自我与非我、意识与对象要发生联系，就必须有一个把两者联系起来的“场所”，这个“场所”就是东方宗教哲学中的“无”。西田把“场所”分为“有的场所”、“相对无的场所”、“绝对无的场所”三个阶段，认为"绝对无的场所"才是“真无的场所”。“绝对无”既非“有”，也非“无”，它的根本作用就是象镜子一样，把“对象按照原样反映出来”。“场所”也叫“意识之野”，它是智、情、意共同形成的所在,主观界与客观界的一切现象都在其中成立。西田的逻辑就是以这种“场所”为核心的，所以称为“场所逻辑”。这种“场所逻辑”是在命题的“主语”和“谓语”的关系上，以“谓语”为主而用“包摄判断”来说明的，所以又称为“谓语逻辑”。1932年西田出版《无的自觉限定》一书，提出所谓“绝对无的辩证法”，认为只有这种辩证法才能“克服”马克思的唯物主义辩证法和G.W.F.黑格尔的辩证法。
后期哲学思想
1933年《哲学的根本问题》一书问世以后，西田哲学进入后期。西田后期的哲学思想，基本上是在1931年“九一八事变”以后、日本侵华战争和太平洋战争期间形成的。这时西田把“场所”观点具体化为“个体互相规定即一般者自己规定”的“辩证法一般者”观点。据他看来，虽然个体在一般者中才是个体，同时，没有个体也就不可能有一般者，但是个体和一般者本来是绝对对立和矛盾的，这种对立和矛盾只有在超越一切对象的“无的一般者”之上，作为绝对肯定即否定、绝对否定即肯定,才能结合成为“相即”的东西,这也就是“自己同一”。西田把“辩证法一般者”的观点，直接化为“行为的直观”观点，形成所谓“多和一”的“绝对矛盾的自己同一”逻辑。他还把这种逻辑运用于民族、国家、政治、道德、艺术等方面，使它成为后期西田哲学的根本原理。这一逻辑曾经在日本侵华的战争年代，成了所谓“总体战哲学”的思想根源，为侵略口号“八纮一宇”辩解。西田哲学尽管在其发展过程中有迂回曲折，但是他的“主客合一”和“直观”观点却贯彻始终。