庚戌之变的起因是由于明朝和蒙古俺答部落之间互市的中断。明成祖时期，朱棣在明朝边防宣府、大同一带设立卫所，中断了和蒙古各部的互市贸易。其目的就是为了限制蒙古各部通过互市贸易逐渐做大做强，与明王朝为敌。成祖的后代一直秉承祖制，明朝和蒙古的边贸往来一直处于中断状态。
直到16世纪中叶的嘉靖朝，蒙古土默特部逐渐强大，土默特部首领俺答汗要求明朝开放互市贸易，被明世宗朱厚熜拒绝，并斩杀蒙古使臣。俺答汗恼羞成怒，嘉靖二十九年开始发兵骚扰明朝边防重镇大同，这次发兵已经不是掠夺财物那么简单了，俺答汗的真实目的是对宣府、大同一带的明朝边防军给予痛击，从而逼迫嘉靖皇帝答应互市的要求。可是土默特部只是蒙古的一个部落，军事实力非常有限，而明朝地域辽阔，九边卫所守军兵力达30万，因为防范蒙古部落入侵一直是明朝军事战略中的重点，宣府、大同一带的守军数量不下10万，面对如此悬殊的差距，小小的俺答汗怎么就敢轻易犯边呢?
这其中的原因竟然是：吃空饷!
自明英宗土木堡之变后，明朝北部边防虽然经常遭受蒙古骑兵的骚扰，但几乎没有过什么大规模的战事，到了嘉靖朝，军备废弛现象已经非常严重。边防军总兵向兵部虚报军士数量，私吞粮饷的情况比比皆是，只宣府、大同两府就虚报了近一半的空饷，再除去开小差跑路的逃兵和老弱病残，能战之兵已不足两万。但如果凭这两万卫军还是可以与俺答骑兵周旋的，但当时的宣大总兵仇鸾本就是个游手好闲的官宦子弟，他的官位是向内阁首辅奸臣严嵩行贿买来的。
在俺答进攻大同时，贪生怕死的仇鸾竟然重贿俺答汗，请求其不要进攻大同，以求自保。这样一来俺答军队的作战目的发生了根本性的变化，原计划进犯大同的骑兵调转马头，兵锋直指京师而去。
俺答汗(1507年—1582年)，16世纪后期蒙古土默特部重要首领
明朝苦心经营大同多年，本来凭借两万边防军如果拼死一战，胜负还未可知。但就是因为总兵仇鸾的贪生怕死的避战思想，俺答大军直接绕过大同，从古北口长城一路南下，直逼京师。可能各位看官觉得北京可是明朝的首都啊，其防御的严密程度不是大同可以比拟的，俺答大军就是南下也一定会受到顽强阻击，很难占到什么便宜吧。但战事的发展还就真不是这样。
熟悉地理的人都知道，要从古北口长城入关南下北京，首先要经过怀柔、顺义、通州，才可抵达北京城，而以上三城在明代都是拱卫京师的重镇，理应有重兵把守。但当时明朝的军队已经烂到根了，和宣府、大同一样，京师周边军镇一样几乎是不设防，军备松弛，有点本事的人都跑光了，剩下的都是些老兵油子，平时耍把式还成，真打起仗来比谁跑得都快。俺答大军一来，三镇守军几乎是一触即溃，蒙古人根本没遇到什么阻拦就轻轻松松的打到了北京城下，沿途烧杀抢掠，无恶不作，苦了长城沿线的老百姓。
可能大伙又要问了，北京周围的防御不给力，怎么着城内的守军应该是帝国精锐吧，守卫在皇城脚下和皇帝身边的亲军应该不至于那么不禁打吧。说到这笔者也只能苦笑着对大家说：天下乌鸦一般黑。全国各地兵营吃空饷，中央禁军也不例外，号称20万禁军其实都是虚数，充其量只有四五万，而且一半是老弱病残，另一半是内外提督大臣之家役使，而且缺少战具甲仗，几乎就没有战斗力。靠这些人守卫京师简直就是天方夜谭，所以这次的情况甚至要比明英宗时期于谦领导北京保卫战的时候还要凶险难测。
前线的军报如撒落的纸片般飞入内阁，严嵩拿着塘报陷入了长久的沉思，问什么都不答腔。内阁次辅礼部尚书徐阶再也坐不住了，他紧急票拟，以嘉靖皇帝的名义号召大同﹑保定﹑延绥﹑河间﹑宣府﹑山西﹑辽阳七府五万精锐进京勤王，但远水解不了近渴，各支勤王部队从集结到行军怎么着都需要1个月左右的时间，在此期间京城的防务必须由禁军自己解决，所以到了必须由内阁首辅严嵩拍板的时候了。严阁老恨透了那个扶不起来的仇鸾，如果这件事被抖落出来，他自己也是吃不了兜着走。但这个时侯还不是想这些的时候，京师现在已经是朝不保夕，得想办法先救急，自己的那点破事也只能是见机行事了。
怎么办?此时的严嵩想起了一个人，新任的直浙总督胡宗宪此时还在京师等待吏部的任命书，胡宗宪是严嵩的学生，这个人深通兵法，这次内阁调他去东南任职也是看重他会用兵，对治理东南沿海的倭患很有帮助，关键他还是个不折不扣的“严党”，自己的老师有难，胡宗宪不可能不救。就这样胡宗宪被紧急招往兵部与严嵩见面，同时出席的还有兵部尚书丁汝夔。严嵩对胡宗宪的命令很简单，协助丁汝夔保证京城防务，不惜一切代价挡住俺答大军。
指令很简单，真正做起来谈何容易，在勤王大军感到前，兵部必须率领残破不堪的禁军坚守北京一个月，胡宗宪心里比谁都明白，靠这些兵油子、兵痞子想守住北京简直就是异想天开，聪明务实的他向丁汝夔提了两点建议：
第一，调动京城内所有监狱的死囚组成敢死队，发给食物、兵器，协助守城，如果城池守住了，全部死囚免罪，如果阵亡了，政府负责给其家人发放安家费。
第二，立即将进京赶考武举的考生组织起来编入军队，给他们报效国家的机会，如果守城成功，可以免试破格录用。武举考生加上死囚犯人数已破万，不仅可以扩充禁军兵员，而且奖罚分明，守城将士士气高昂。
这个举措果然奏效，一个月来，俺答大军不断围攻北京九门，明朝守军誓死抵抗，大军死活就是攻不进去，可以说胡宗宪的妙招不仅拯救了严嵩，更拯救了整个大明朝。但是面对明军的抵抗也激怒了俺答汗，他命令大军在北京城郊大肆劫掠村镇，京师附近的老百姓备受欺凌，苦不堪言。话说俺答大军在京郊大肆劫掠的时候，九边七府的勤王部队早已驻扎在京郊附近，为何不见他们与俺答大军交手而任凭他们劫掠百姓?难道他们忘记了自己的使命了吗?其实，明军不战的原因还在严嵩和仇鸾身上。
我们先看看兵部任命谁是九边七府勤王军队的总指挥?可能大家已经猜到了，此人就是一个月前驻守大同的总兵仇鸾，正是因为他的贪生怕死，用重贿买通俺答汗，才让明帝国的首都遭此劫难。这整个事件的罪魁祸首为何摇身一变，不仅没有受到法办，反倒得到重用，成为勤王大军统帅的呢?是不是兵部尚书丁汝夔疯了呢?其实这次兵部的任命和丁尚书没多大关系，不是丁汝夔真的想用仇鸾，更不是边关大将无人可用，实在是不敢不用。内阁首辅严嵩向兵部下了死命令：用仇鸾!
为什么仇鸾一定要用，因为他和严嵩关系太硬，严嵩、严世藩父子收了人家多少好处无从考证，但据说严嵩费劲千辛万苦得到的北宋张择端的《清明上河图》真迹就来自于仇总兵的馈赠，从这一点不难看出，现在严、仇两人是拴在一条绳子上的蚂蚱，仇鸾如果被法办，严嵩也就快倒台了，所以他必须让仇总兵戴罪立功，想尽办法给他脱罪。
再看丁汝夔的政治立场，丁尚书是前任首辅夏言举荐的，而夏言和严嵩争权多年，嘉靖中期严嵩终于抓住机会扳倒了夏言而独霸内阁，对夏言举荐的官员自是没什么好感。因为这个原因丁汝夔为保自己尚书的官位，事事小心谨慎，不敢得罪严嵩，在启用仇鸾的问题上，他深知仇总兵是个地地道道的“严党”，何况身边还有胡宗宪这么一双眼睛，他不听之任之，视而不见又能如何呢?
那么仇鸾统帅着的这五万勤王军队到底战斗力如何呢?一个字：烂!
从山西到辽东，九边无战事，军备废弛多年，此时可以说是兵疲将弱，边关的将领多是作为升官发财的跳板临时带兵，兵不识将，将不识兵，军队凝聚力极差，这样的军队说白了就是凑个数，根本没有战斗力可言。仇鸾带着这样的兵自然不敢和俺答大军轻易接战，正在发愁的时候，没想到想睡觉的时候，有人自来送枕头，内阁的军令下到了前线，命令仇鸾不可与俺答接战，原因是朝廷正在和俺答和谈。
谈什么?怎么谈?内阁首辅严嵩已经给嘉靖皇帝定好了基调，答应俺答关于明蒙边境互市的要求，并每年给俺答提供定额的钱粮援助，但俺答汗提出的钱粮数字巨大，遭到了以内阁次辅徐阶为首的阁僚的强烈反对，嘉靖皇帝也觉得不能就这么便宜了这些夷狄，所以只同意先开放马市交易，至于全面开放互市和钱粮的数量需要俺答方面先退兵，再由大同巡抚衙门全权代表朝廷予以斡旋。
自此，为期两个多月的庚戌之变才算是告一段落，后来明朝和俺答之间的盟约又几经更改，因为对互市的范围和钱粮额度的问题双方争执不下，俺答又接连发动了几次小规模的侵扰行动，但随着李成梁、戚继光等边关名将的崛起和以兵部尚书张居正为首的明朝军制改革的不断深入，俺答的军事优势越来越不明显，直到庚戌之变发生20年后的隆庆四年，双方终于就核心问题达成一致，明朝全面对俺答开放互市贸易，双方的军事争端正式停止，长城周边的百姓才算是稳定了下来。