“学而优则仕”的古代中国社会意味着，古代中国读书人最高追求的目标就是成为仕官。为此，出现了许多专门从事教育的学校，分为私学和官学。国子监则是全国士子都向往的最高学府，其主要职责包括两个方面。第一，作为朝廷管理中央官学的核心机构，代表朝廷进行管理。第二，作为官僚后备人才的基地，提供决策咨询服务的智囊团。
清代对国子监的管理尤为重视，主要机构有绳愆厅、典籍厅、典簿厅等负责具体的工作，是在祭酒的领导下开展教育管理活动。祭酒作为掌管国子监的主要领导，主要职责是做礼部和国子监之间联系的纽带，代礼部管理国子监，全面负责国子监的日常管理工作。同时，配合皇帝来国子监讲学，主持庙学祭祀活动，负责为监生月考命题等。
当然，这些工作不仅由祭酒一人完成，清代朝廷设置一满一汉两位司业辅佐祭酒开展工作。绳愆厅主要负责“凡教官怠于师训，生员有戾规矩，并课业不精，禀膳不洁，并从纠举惩治。务要夙夜尽公，严行约束，毋得徇情，以致废弛”，及负责师生的教学活动以及后勤卫生等，主要负责人是监丞，在清代有一满一汉两人担任。典籍厅，顾名思义相当于我们现在的图书馆，典簿厅则相当于现在的财务处、后勤处，负责管理各种票据和文件，当然还有博士负责具体教学工作。可以看出，清代国子监的组织结构已经较为完善，各个管理部门之间相互配合，互为关照，共同培养学生成为维护中央集权统治所需要的人才。
有清一代，担任过祭酒、司业不乏有比较著名的学者：刘墉、纪昀、王懿荣、吴伟业、王士祯等，他们无不是德行、学识称著于时的硕德大儒，大多是进士兼翰林出身。国子监到后逐步衰败，成了科举的附庸，形同虚设。清光绪三十一年(1905)设学部，国子监遂废。但是不可否认，国子监为封建王朝培养了一批适用的人才，对繁荣中国古代学术文化有着重要作用，在中国和世界教育史上占有重要的地位。