谜团一 文化的起源
三星堆的发现将古蜀国的历史推前到5000年前。然而这里数量庞大的青铜人像、动物不归属于中原青铜器的任何一类。
青铜器上没有留下任何文字，出土的“三星堆人”高鼻深目、颧面突出、阔嘴大耳，耳朵上还有穿孔。他们是本地远古土著还是外来移民？甚至是如激进研究者所认为的“外星人”？他们会否不过是一个想象力丰富的古代民族想象中的产物？
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谜团二 奇特的文物
三星堆和金沙遗址出土的青铜器中绝大多数是祭祀用品，隐隐能看到玛雅文化、古埃及文化的影子。有专家认为，这表明三星堆曾是世界朝圣中心，但在交通极为不便的古代，“朝圣”是否可行？目的又是什么？
三星堆出土了5000多枚海贝，经鉴定来自印度洋，它们是货币还是祭平博娱乐城祀品？而其出土了众多象牙，有的整齐划一的摆放，有的仅取象牙尖部，是何含义？如今四川盆地并无大象生存，这些象牙从何而来？
谜团三 古都的迁徙
古蜀国的消失很神秘，中间留下了两千多年的空白期。关于古蜀国的灭亡，目前所有说法仍停留在“假设”层面：
水患——三星堆遗址北临鸭子河，马牧河从城中穿过，但考古学家并未在遗址中发现洪水留下的沉积层；战争——遗址中发现的器具大多被事先破坏或烧焦，但对器物进行精确测定后发现，它们的年代相差数百年；迁徙——是什么原因促使这个古王国开始如此大规模的迁徙；天灾——自然条件良好的古蜀国，发生大规模自然灾害的几率并不大。
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谜团四 金杖的图案
三星堆出土了世界最早的金杖，基本上学界已经认可其为“权杖”，但上面所刻的鱼、箭头等图案到底是文字还是图画，至今并没有一个确凿的说法。
一个民族必备的文明要素，三星堆都已具备，只缺文字。“文字说”一派的专家已在试图破译，“图画说”一派的专家认为这些单个存在的图案不具文字的特征和研究价值，谁对谁错？
谜团五 神秘的裸人
这是金沙遗址最有特色的文物之一，目前已出土12尊，造型大致相似。表现的基本都是被捆绑的裸体男性跪像。
他们大多雕刻细腻，人物的面部表情也非常丰富，它们有的与石蛇一起埋藏，有的与石虎、石璧等有规律地摆放在一起，这一切迹象说明它们是特殊的祭祀用品。
然而怪异的发式、反绑的双手以及赤裸的形象，都令人百思不得其解。在中原地区的远古遗址中，如殷墟，不时也会有跪立玉像的出土，这些跪立玉像身上都有衣服蔽体，看得出身份比较高贵。像金沙石像这样赤裸的在中原文明中从没有发现过。他们来自何处？他们的族属是什么？石像的用途何在？
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谜团六 金蛙是禺强？
在金沙遗址中，出土了一类独特的金蛙造型器物。在中国远古神话传说中，蛙是生殖崇拜和月亮崇拜的代表，中国古代文献中有很多关于月中有蟾蜍的记载，同时祭蛙求雨也是一种较为古老的祭祀习俗。
这类造型的金器为金沙遗址所独有，有学者推测此类器物很有可能是与金沙“太阳神鸟”金饰组合，贴附在漆器上使用。其构图为“太阳神鸟”金饰居于漆器的中央，周围等距放射状或旋转状的排列金蛙形器。
也有专家认为，金沙的金蛙从嘴部造型看不像蛙嘴像鸟嘴，而且有呈螺旋形的翅膀，因此很有可能也是从鸟形变化而来，甚至有人推测，它们可能是风神兼水神禺强的化身。
三星堆已经积累了长达70年考古发掘的成果。在没有揭开的地层中，还藏着多少秘密呢？