中国的科举制度在明朝时期出现了一个很大的转折。在宋朝时期，培养出的文人对社会具有实际价值。然而，经历了元朝的变革后，明朝的科举制度开始出现畸形。在明朝的科举考试中，忠君成为了最重要的标准，而能力被放置在次要位置。君主的权力开始无限扩大，官本位思想盛行。这其中存在一个问题一直困扰着明朝的皇帝们，即科举录取问题。由于南北方教育水平的差异，南方与北方的教育矛盾逐渐显露。
一、朱元璋动用行政权力，可以扭转了局面
明朝建立的初期，北方经过战争的反复蹂躏之后，人民的生活都是基本问题，至于接受教育只能向后排。但在南方，由于战争的影响比较小，所以极大的一部分人都接受过教育。南北方的教育差距逐渐出现，这一点从明朝初期的录取比例中就看出了端倪。在朱元璋在位的31年时间内，他一共录取了867名进士。在这些天之骄子中有620人是南方人，占到了总数了71%。而北方、西北、西南加在一起也才29%，这是当时的现实情况决定的，朱元璋自己也曾经说：“北人学问远不如南人。”但是出于各方面的考虑，考试名额又不能让东南考生全部占据。明朝君臣一直在调和这方面的差距和矛盾，但是在朱元璋的晚年还是出事了。
在朱元璋在位的第30个年头，朱元璋又一次主持科举考试，这也是他最后一次主次科举。科举结果出炉以后引发了轩然大波，高中进士的52人全部都是南方人，这被北方士子视为徇私舞弊。北方士子写联名信上奏朱元璋，朱元璋自然也十分头疼，主考官绝对不会也绝对不敢徇私舞弊，这极有可能是一个让人无奈的事实。但是朱元璋需要考虑的事情太多了，他不能寒了北方士子的心，朱元璋通过自己的权力干预了科举结果。一个月之后，新的录取结果出炉，这次高中进士的全部均为北方人。这次科举风波就这么在朱元璋的直接干预下渡过了，但是南北方的教育差距成为了一个固定的事实，所有的官员都心知肚明。
二、20年之内矛盾加剧，最终出现了南六北四的格局
1398年，朱元璋撒手人寰，他的乖孙子朱允炆和暴力儿子朱棣都没有注意到科举的问题。在20多年的时间里，一直是南方独大的局面。经过统计之后发现，在所有的进士中，南方士子仍占了83%，北方士子只有11%，西南士子更是只有4%。这个问题在这二十多年中一直存在，在朱棣迁都北京之后，这个问题已经达到了不能不解决的地步。但是马上皇帝当真没有这个水平，他在出征的途中去世。他的儿子又仅仅做了10个月的皇帝，他的孙子朱瞻基登基之后，立刻改变了这一无奈的局面。明朝的科举制度发生了重大变化，以每科录取100名进士为例。南方士子占60%，北方士子占40%。这属于从国家层面干预了科举问题，但会试和殿试的题目确实全国统一的。
在明代宗朱祁钰在位时期，他调整了这一比例，为例照顾西南地区的士子感情，明朝录取进士的比例变成了南方55%、北方35%、西南10%。这一比例一直持续到清朝末期，虽然这种情况有朝廷干预正常录取比例的因素，但这是为了保证文化落后地区的士子也能够通过科举考试改变自己的家庭。在明朝的首都迁移到北京之后，明朝君臣不得不估计北方士子的感情。这和北宋时期如出一辙，宋太祖赵匡胤那一句：“后世子孙无用南士为相”坑苦了南方士子。客观的说，在明朝那种已经畸形的科举制度下，即便是考中进士也不能代表能治理国家。唐宋时期的固有模式被更改，明朝那种只靠八股文的制度几乎毁了当时的文人。
三、104岁高龄参加科举，上演了凄凉的一幕
早在崇祯时期，大学士徐光启就发现了科举的无用。但是崇祯处于各方面的考虑，仍不能废除科举。清朝入关以后，继续沿用明朝的科举制度。1699年，一位101岁的老人（万历、天启、崇祯、顺治、康熙五朝）在自己曾孙子的搀扶下走进了考察。结果这位老人再次名落孙山，而它的曾孙子却中了二甲第十名。1826年，历史再次重演，一位104岁的老人孤独的走进考场。结果他并未被录取，但道光皇帝念其精神可嘉，赐其为同进士出身。不过由于年龄的限制，这位老人注定无缘官场。在那个家天下和官本位思想极度严重的时代，科举制度也成为逐步走上畸形。西方国家的文官制度也是起源于中国的科举制度，但是最终二者所培养出来的人才却出现了天壤之别。